Strijd tegen het water
In de 16de eeuw had het water in het gebied rond Amsterdam min of meer vrij spel. Hoewel het Hoogheemraadschap Rijnland al sinds 1255 officieel bestond, was er echt sprake van strijd tegen het water. Langs het IJ, nog direct verbonden met de Zuiderzee, werden dijken aangelegd om de schade te beperken, maar goed bemaalde polders bestonden nauwelijks. In de woeste wateren ontstonden in de loop der tijd, vanwege afkalving van land door stormen en watersnoden, een aantal eilandjes. Één daarvan werd ’t Ruyghe Oort genoemd. Het lag in het westelijk deel van het IJ, dat Houtrack heette. In 1652 is op het eiland een eendenkooi aangelegd. Die was blijkbaar zeer bekend. In 1849 werd Ruigoord zelfs op een kaart aangeduid als Kooijen eiland.
(Bron kaart: Hoogheemraadschap Rijnland)
Bansloot
Hoewel de oudste sporen van bewoning dateren uit de 11de eeuw, stamt de eerste historische vermelding van Ruigoord uit de 16de eeuw. De landeigenaren verkochten hun grond aan het Hoogheemraadschap van Rijnland, omdat het land minder opbracht dan het kostte. Het Hoogheemraadschap nam diverse maatregelen om de voortschrijdende erosie tegen te gaan, waaronder het graven van de Wadsloot en de bansloot. Die speelde ook een rol bij het beleg van Haarlem. Tot op de dag van vandaag is de bansloot nog fysiek in het landschap terug te vinden.
Tachtigjarige oorlog
In de driehoek Amsterdam, Haarlem en Alkmaar lag rond 1572-1573 het keerpunt in de Tachtigjarige oorlog. Het was het begin van de machtsovername van het huis van Oranje. Middenin het gebied lag het eiland Ruigoord. Bekend is dat tijdens van het beleg van Haarlem, toen veel Spaanse troepen zich van Amsterdam naar Haarlem verplaatsten, het zuidelijk deel (beneden de bansloot) van het eiland in handen was van de Spaanse bezetter. Het noordelijk deel was in handen van de Westzaner Watergeuzen onder aanvoering van de vermaarde geuzenleider Kees ’t Hoen. De hongerige Spaanse huurlingen werden tijdens het stropen van watervogels veelvuldig overvallen en in de pan gehakt door Kees en zijn mannen.
Teruggang van het aantal kooien
Vanaf de bouw tot grofweg het begin van de 19de eeuw was de kooi op Ruigoord wisselend productief. Het aantal kooien in het gehele Rijnland liep toen opeens relatief snel terug. Waarschijnlijk kwam dat omdat, door betere bemaling, de poldergrond als landbouwgrond een veel hogere waarde kreeg. Ook de ‘entvoghel kooij’ op Ruigoord raakte rond die tijd in onbruik.
Vrijstaat Ruigoord
Door de inpoldering van het Houtrak (nu de Houtrakpolder), bij de aanleg van het Noordzeekanaal in 1873, werd het eiland weer vast land. Arbeiders uit West Friesland en Zeeland, die hielpen bij het graven van het kanaal, bleven er wonen en gingen als landarbeider aan de slag. Er ontstond een dorp van een paar honderd inwoners, mét kerk en kroeg, maar zonder gas en riolering. Toen de haven van Amsterdam zich verder uitbreidde naar het westen, dreigde Ruigoord onder de slopershamer te bezwijken. In 1973 kon een aantal kunstenaars dat echter voorkomen. Nu is (een deel van) Ruigoord een ‘culturele vrijstaat’.